3D Molecule Encyclopedia: How 118 Elements Assemble Our Everyday World
If the 118 elements of the periodic table are LEGO bricks, molecules are the 3D architectures built from them. Start with everyday favorites in the first row—Vanilla (Vanillin), Chocolate (Theobromine), and Coffee (Caffeine)—project molecules onto your desk in AR, or explore the World Food Molecule Atlas.
What Do Vanilla Beans, Dark Chocolate, and Morning Espresso Look Like in 3D?
Inspect the exact 3D atomic geometry behind the world's favorite flavors—why synthetic vanillin costs 1% of Madagascar vanilla, and why chocolate's theobromine contains zero bromine atoms.
Vanillin (Vanilla Aroma)
Three oxygen functional groups (aldehyde, methoxy, hydroxyl) on a flat benzene ring create the world's most beloved sweet aroma—99% of which is now synthesized from lignin or petrochemicals.
Theobromine (Chocolate Molecule)
Named after Theobroma ('Food of the Gods'), it contains zero Bromine (#35 Br) atoms! It is identical to caffeine except for a single missing methyl (-CH₃) group at N1.
Caffeine
A flat purine double ring studded with four Nitrogen (#7 N) atoms that mimics adenosine's 3D silhouette to block drowsiness receptors in the brain.
Carvone (R/S Enantiomers)
Same formula (C₁₀H₁₄O), same bond connectivity—yet the left-handed (R) mirror image smells like spearmint gum while the right-handed (S) isomer smells like caraway rye bread.
Rotate Two Molecules Side-by-Side to See Why Geometry Changes Destiny
Diamond vs Graphite — Same Carbon Atom (#6 C), Opposite Fates in 3D
원소 기호는 둘 다 100% 탄소(C)입니다. 109.5° 정사면체 입체 그물(sp³)과 120° 육각형 층상 격자(sp²)를 3D로 나란히 돌려보며 경도·전기전도성·가격의 비밀을 비교해 보세요.
Cellulose vs Starch — Same Glucose Chain, Wood/Paper vs Rice/Bread
화학식은 둘 다 (C₆H₁₀O₅)ₙ으로 100% 같습니다. 포도당을 잇는 산소 다리 각도 하나(β-1,4 직선 vs α-1,4 나선)가 만든 식물 세포벽과 인류 주식의 3D 차이를 비교해 보세요.
Chlorophyll a vs Hemoglobin Heme — Magnesium (#12 Mg) vs Iron (#26 Fe)
식물의 푸른 잎과 동물의 붉은 피는 놀랍게도 똑같은 포르피린 계열 거대 고리에서 출발했습니다. 고리 정중앙에 앉은 12번 마그네슘(Mg)과 26번 철(Fe)을 3D로 비교해 보세요.
줌인 여행 · 분자 퍼즐 게임 · 크기 슬라이더 · 책상 위 AR · 세계 음식 분자 지도
커피잔 → 카페인 분자(C₈H₁₀N₄O₂) → 6번 탄소(C) 원자 줌인 여행
슬라이더를 밀거나 [연속 줌인 재생]을 눌러 일상 물체에서 분자(nm)를 거쳐 주기율표 원자(pm)까지 확대해 보세요.
우리 눈에 익숙한 지름 10cm의 커피잔입니다. 이제 현미경 배율을 높여 커피 표면에 떠 있는 황금빛 크레마 거품 속으로 들어갑니다.
Blueprints & Molecular Machines of Life
From the DNA double helix and oxygen-carrying Hemoglobin to glowing Green Fluorescent Protein (GFP)—macromolecules where 3D folding geometry is function.
Rotate experimental RCSB PDB structures in 3D to see how base pairs stack and protein pockets cradle metal cofactors.
Human Hemoglobin (PDB 1A3N)
4개의 단백질 사슬 속에 26번 철(Fe) 원자 4개를 품고 폐에서 조직까지 산소를 실어 나르는 나노 호흡 기계
B-DNA Double Helix (PDB 1BNA)
15번 인(P)이 만든 두 가닥 나선 계단 사이에 A-T·G-C 염기쌍 가로대가 맞물려 생명의 유전 암호를 저장하는 이중나선
Green Fluorescent Protein (GFP · PDB 1EMA)
11개의 베타-병풍 판이 둥근 음료수 캔 모양의 방패 통을 만들어 그 한가운데서 스스로 녹색 빛을 내는 해파리의 등불
ATP (Adenosine Triphosphate)
15번 인(P) 원자 세 개가 산소 다리로 일렬로 압축된 생명의 충전식 배터리! 하루에 내 몸무게만큼 재충전되는 에너지 분자
Same Atoms, Completely Different Fates (Allotropes & Isomers)
Pure #6 Carbon becomes brilliant Diamond, soft Graphite pencil lead, or a C60 Fullerene soccer ball; identical glucose rings become indigestible Cellulose wood fiber or digestible Starch.
Compare tetrahedral sp³ cages vs planar sp² sheets and α-1,4 vs β-1,4 glycosidic oxygen bridges in interactive 3D.
Diamond Lattice
탄소 원자 하나가 주변 탄소 4개와 109.5° 정사면체로 빈틈없이 손을 잡아 우주 최고의 단단함과 열전도율을 만든 3D 격자
Graphite (Layered Graphene)
같은 탄소인데 벌집 모양 층으로 쌓여 종이에 미끄러지며 글씨를 남기고 리튬이온 배터리 음극재가 된 분자 격자
Buckminsterfullerene (C60)
탄소 60개가 오각형 12개와 육각형 20개로 둥글게 말려 나노기술의 시대를 연 완벽한 축구공 분자
Left Hand vs. Right Hand: Chiral Mirror-Image Molecules
Identical formula and atom connectivity, yet non-superimposable like your left and right hands—making (R)-Carvone smell like spearmint and (S)-Carvone smell like caraway seeds.
Flat 2D drawings look identical; only by rotating and overlaying the two 3D enantiomers can you see why they never superimpose.
Carvone (R/S Enantiomers)
원소도 끓는점도 100% 똑같은데 거울에 비춘 왼손·오른손 방향 차이만으로 스피어민트와 캐러웨이 향으로 갈라지는 거울상 분자의 대표 주자
Food Culture & the Economics of Taste and Aroma Molecules
From Vanilla's vanillin, Chocolate's theobromine, and Coffee's caffeine to Korean chili capsaicin & garlic allicin, Japanese umami glutamate & wasabi, and Sichuan mala sanshool.
See how each molecule's 3D shape fits sensory receptor channels (TRPV1 heat, TRPA1 nasal pungency, TRPM8 cold, and 50Hz touch).
Caffeine
육각형과 오각형 질소 고리가 맞붙은 평면 퓨린 골격으로 전 세계 커피·음료 경제를 깨우는 분자
Capsaicin
바닐라와 같은 머리(바닐릴기)에 긴 기름 꼬리를 달아 물에는 안 녹고 우유·기름에만 녹는 매운맛 분자
L-Glutamic Acid
1908년 다시마 국물에서 발견되어 제5의 미각 '감칠맛(Umami)'과 글로벌 발효 조미료 산업을 탄생시킨 아미노산
Vanillin
벤젠 고리 하나에 알데하이드·에터·페놀 3대 작용기가 모두 모인 아이스크림·초콜릿 향료 경제의 제왕
L-Menthol
의자 모양으로 접힌 육각형 고리가 냉감 수용체(TRPM8)를 깨워 온도 변화 없이도 시원함을 느끼게 하는 분자
Allicin
통마늘일 때는 냄새가 없다가 칼로 다지는 순간 16번 황(S) 원자 두 개가 깨어나 만드는 한국 식탁의 마늘 향
Allyl Isothiocyanate
고추(캡사이신)는 혀를 데우지만 와사비는 왜 코끝을 찌를까? 기체로 날아오르는 가벼운 황·질소 분자
Hydroxy-alpha-sanshool
매운맛이 아니라 입술이 초당 50번(50Hz) 떨리는 촉각 착각! 마라탕과 화자오의 얼얼함 분자
Theobromine
이름에 브로민(Br)이 들어 있지만 실제로는 브로민 원자가 0개! 카페인에서 메틸기 단 하나만 뺀 초콜릿의 쌍둥이 분자
How a Single Central Metal Atom Changes the Color of Life
Place #12 Magnesium (Mg) at the center of a porphyrin-like ring and you get green Chlorophyll; swap it for #26 Iron (Fe) and you get red Hemoglobin heme.
Click the central coordinated metal atom directly inside the 3D viewer to jump straight to its Periodic Table element page.
Chlorophyll a
거대한 클로린 고리 정중앙에 12번 마그네슘(Mg) 원자 하나를 품어 태양빛을 생명 에너지로 바꾸는 녹색 안테나
Indigo (Denim Blue Dye)
인도 쪽풀 농장을 무너뜨리고 전 세계 청바지(데님)를 물들인 1905년 노벨 화학상의 대칭 평면 염료 분자
Discovery History, the $1 Insulin Patent & Molecular Economics
Explore the 3D structures and economic history of Insulin (sold for $1 to the University of Toronto), Tu Youyou's Nobel-winning Artemisinin (-O-O- bridge), Penicillin, and Aspirin.
Inspect strained β-lactam rings, heat-sensitive endoperoxide bridges, and Zinc-coordinated insulin hexamers in 3D.
Human Insulin Hexamer (PDB 4INS)
16번 황(S) 이황화 다리 3개와 중심의 30번 아연(Zn) 원자가 빚어낸 3D 구조이자, 1달러 특허 양도로 과학사에 남은 분자
Aspirin (Acetylsalicylic Acid)
버드나무 껍질의 살리실산에 아세틸기(-COCH₃) 모자 하나를 씌워 근대 유기합성 화학 산업을 탄생시킨 분자
Penicillin G (Benzylpenicillin)
16번 황(S)이 박힌 오각형 고리와 사각형 베타-락탐 고리가 V자로 꺾여 맞붙어 화학 합성가들을 놀라게 한 분자
Artemisinin
1,600년 전 고대 문헌의 '찬물에 담가 짜내라'는 한 줄이 지켜낸 산소-산소(-O-O-) 다리 고리와 2015년 노벨상 발견사
Water (104.5°), Carbon Dioxide (180°) & Crystal Lattice Geometry
Why does ice float on liquid water while solid CO2 (dry ice) sinks? It all comes down to Water's 104.5° bent angle versus Carbon Dioxide's 180° linear symmetry.
Rotate ball-and-stick and space-filling models to see how bond angles govern polarity, hydrogen bonding, and infrared greenhouse vibrations.
Carbon Dioxide
180° 일직선 이중결합 구조로 적외선에 공명하며 탄산음료의 청량감과 탄소배출권 시장을 만든 분자
Sodium Chloride (Table Salt Crystal)
물에 넣으면 폭발하는 11번 소듐(Na) 금속과 유독 기체인 17번 염소(Cl)가 전자를 주고받아 만든 가장 평화로운 정육면체 소금 결정
Quartz (Silicon Dioxide Crystal)
모래알과 투명한 수정, 그리고 스마트폰 속 정밀 시계(쿼츠 진동자)와 반도체 웨이퍼의 원천이 되는 14번 규소(Si) 사면체 그물
How Monomer Links Build Rigid Fibers vs. Helical Coils
Link glucose rings with a β-1,4 flipped bridge and you get rigid Cellulose wood and cotton; link the exact same glucose with an α-1,4 bridge and you get digestible Starch.
Inspect the single glycosidic oxygen bridge in 3D to see how a stereochemical flip separates paper from food.
Cellulose (Cellobiose Repeating Unit)
포도당 고리가 위아래로 뒤집히며 일직선(β-1,4)으로 연결되어 나무와 종이, 면화 옷감을 만든 지구 최다 유기 분자
Starch (Amylose / Maltose Unit)
산소 다리 각도 하나(α-1,4)가 한쪽으로 살짝 꺾여 용수철 나선처럼 말리면서 인류의 주식(쌀·밀·감자·옥수수)이 된 분자
PET (Polyethylene Terephthalate)
생수병 바닥 삼각형 속 숫자 '1번(PETE)'의 정체! 단단한 벤젠 고리와 유연한 사슬이 만나 탄산가스를 가두는 고분자
📚 분자 3D 구조 파일 · 출처 및 편집 검수 기준 (기준일: 2026-10-18)
- • 소분자 3D 좌표 및 물성 수치: National Center for Biotechnology Information (NCBI), NIH NLM PubChem 3D Conformer SDF (Public Domain, 미국 국립의학도서관 공공 데이터 — 각 분자 페이지에 CID 및 출처 표기 수록)
- • 단백질·DNA 실험 3D 구조: RCSB Protein Data Bank (wwPDB) 실험 X선 결정 구조 (1BNA, 1A3N, 4INS, 1EMA, 1JB0 — CC0 1.0 Public Domain)
- • 결정·광물 격자 구조: Crystallography Open Database (COD) (다이아몬드 COD 9008564, 흑연 COD 9000046, 암염 소금 COD 9008678, 알파-석영 COD 9009666 — CC0 Public Domain)
- • 편집 및 안전 검수 원칙 (7장 준수): 총 30개 분자 및 8개 주제 허브 모두 에디터 팩트 검수(REV-MOL-2026-001~030)를 마쳤으며, 의학적 처방·효능·복용법 안내 및 위험 물질을 일절 다루지 않고 순수 입체 구조·과학사·특허 경제사만 서술합니다.